Leta 1904 je organiziral gradnjo pokopališča ob cerkvi, leta 1908 mu je uspelo, da so Domžale postale samostojna župnija, za kar so se prebivalci v okolici Goričice trudili vrsto let. Prav tako je leta 1938 poskrbel za povečanje prezbiterija župnijske cerkve Marije Vnebovzete ter pri priznanih arhitektih in slikarjih kot so J. Plečnik, I. Pengov, I. Vurnik in S. Pengov naročil novo cerkveno opremo (orgle, oltarne poslikave, spovednice ipd.), katera je ohranjena še danes.

Franc Bernik se je dejavno vključil tudi v socialno in društveno življenje takratnih Domžal, ki je v desetletjih po Bernikovem prihodu doživelo pravi razcvet. Najpomembnejše je bilo leta 1904 ustanovljeno Katoliško izobraževalno in podporno društvo, ki je bilo v prvi vrsti namenjeno izboljšanju stanja delavstva, kot članice pa so se lahko vključile tudi ženske. Društvo je pod okriljem Bernika izvajalo številne dejavnosti in razvilo izjemno bogat kulturni program. Zato je Bernik dal pobudo in organiziral gradnjo Društvenega doma, ki je bil dokončan leta 1910 in še danes velja za najlepši secesijski objekt v kraju, v njem pa je danes osrednja kulturna institucija Občine Domžale Kulturni dom Franca Bernika. Franc Bernik je pomembno vplival tudi na delovanje Hranilnice in posojilnice, ustanovil je strojno zadrugo, kitarsko zadrugo ter konzumno društvo. V letih pred prvo vojno je organiziral delavstvo ter ustanovil Strokovni odsek slamnikarskega delavstva Domžalah. Med prvo svetovno vojno je skrbel za ranjence in begunce. Do leta 1918 pa je bil tudi politično aktiven. Leta 1929 in 1930 je odprl Dobrodelni dom za onemogle in ostarele ter Otroški dom, ki je imel vrtec, dnevno zavetišče in sirotišnico. V času okupacije Domžal med drugo svetovno vojno je kot begunec prebival v Ljubljani.

Bernik je bil aktiven na različnih področjih ter je že za časa svojega življenja prejel številna častna odlikovanja in imenovanja. Napisal je tri knjige o zgodovini fare Domžale, v katerih podrobno opisuje življenje v njegovem času do leta 1939, piše pa tudi o starejši krajevni zgodovini. Načrtoval je še knjigo o dogodkih po letu 1939, ki je ni dokončal; so pa bili leta 2021 fragmenti omenjenega rokopisa izdani v sklopu ponatisa knjig Zgodovine fare Domžale, ki jih je pripravil Kulturni dom Franca Bernika Domžale.

Franc Bernik je bil župnik v Domžalah skoraj 45 let. Umrl je 5. novembra 1948 v Domžalah, kjer je tudi pokopan.