Samostan je bil ustanovljen leta 1609, že leta 1615 pa je tedanji škof Tomaž Hren blagoslovil cerkev sv. Cecilije. Samostan je bil povečan leta 1910, leta 1911 so bile cerkvi dograjene stranske kapele. Kot sem že omenil, je nemški okupator med vojno izgnal brate kapucine in samostan uporabljal za zapor. Po vojni so se kapucini sicer vrnili, ampak ker je bil samostan že naseljen s stanovalci, so stanovali v dograjenem delu (konviktu). Leta 1947 so bili kapucini ponovno izgnani, leto kasneje pa sta bila samostan in vrt nacionalizirana. Leta 1958 so se kapucini ponovno vrnili v Celje in si v zakristiji uredili stanovanje. 4.septembra 1960 je bila ustanovljena župnija sv. Cecilije.  Leta 1986 je bila ponovno pridobljena nazaj stavba notranjega konvikta, leta 2005 pa se je pričela celovita prenova samostana. Po prenovi samostana je sledila še prenova cerkve v več etapah, s katero je cerkev dobila nov večji in lepši oltar (po vojni je v podtaknjenem požaru prvotni oltar pogorel), nova barvna okna, letos pa še  prenovljeno fasado in nove  tlakovce pred cerkvijo. K sv. Ceciliji prihajajo verniki tudi od drugod, zelo radi pridejo k spovedi, saj je vedno pred in med mašo spovednik v spovednici. Še posebej radi pridejo na 2.avgusta, na praznik Marija Angelske – Porciunkule, ko ljudje na veliko pridejo k spovedi in k sv. maši, da na koncu od mašnika prejmejo  porciunkulske popolne odpustke.